《奥特曼格斗进化3》中，盖亚与阿古茹的故事情节如下：

在一个史前时代，地球上曾存在一种强大的生命体——维克特星人，他们拥有能够操纵时间和空间的强大力量。虽然这种力量对于维克特星人来说是一种进化的象征，但也使他们成为了一个非常危险的种族。

在一次战斗中，盖亚和阿古茹发现自己的力量已经无法与维克特星人相提并论。盖亚正准备使用自己的能力，但阿古茹却认为这种力量会给人类带来更多的痛苦。

最终，盖亚和阿古茹决定联手对抗维克特星人。他们发现维克特星人的力量来自于一个名为“维克特之星”的星球，于是他们决定前往维克特之星，摧毁维克特星人的力量源头。

在维克特之星上，盖亚和阿古茹遭遇了维克特星人的抵抗，并最终与维克特星人的领袖展开了一场最后的决斗。虽然他们付出了惨痛的代价，但最终盖亚和阿古茹还是战胜了维克特星人，摧毁了他们的力量源头。

在这之后，盖亚和阿古茹决定一起保护地球，守护人类的和平。