感谢邀请！

1、两所院校都是大专文凭院校，重庆市人民政府举办，工程职业技术学院是重庆教育委员会全日制普通高等职业学校。而工商职业学院是教育部批准设立的公办全日制普通高等学校，国家批准留学生招生单位；

2、两所院校在校人数差不多都是一万多，工程职业技术学院所在地江津区，工商职业学院两个校区：合川区和九龙坡华岩；

3、两所院校都有开办“3+2专本贯通分段培养项目”，工程职业技术学院与重师、科技学院本科专业5个，工商职业学院重庆理工大学开办本科；

4、两所院校在专业方面几乎相差不大，工程职业技术学院高职专业49个，工商职业学院高职专业48个。但各自都有王牌专业（这方面没做深入了解）；

以上我对两所院校做了简单分析，建议在选择学校之前先确定好专业，再对比学校整体实力，祝你好运！（以上个人分析，仅供参考）